L’octroi de la qualification de « jeune entreprise innovante » (JEI) est notamment subordonné à une condition tenant à la détention de leur capital prévue à l’article 44 sexies-0 A, 4° du CGI. Le capital de l’entreprise doit ainsi être détenu de manière continue à hauteur de 50 % au moins soit par des personnes physiques, de manière directe ou indirecte (mais avec une seule société interposée ayant la qualité de PME), soit par certaines entreprises du secteur du capital-risque, soit par des associations ou fondations reconnues d’utilité publique à caractère scientifique ou des établissements publics de recherche et d’enseignement et leurs filiales, soit par des sociétés elles-mêmes qualifiées de JEI.
Dans le cadre d’un rescrit en date du 11 décembre 2024, l’administration précise que les fondations de coopération scientifique peuvent être regardées comme relevant des investisseurs visés à l’article 44 sexies-0 A, 4° du CGI, bien qu’elles ne soient pas expressément citées par ces dispositions (BOI-RES-BIC-000172).
Elle s’appuie, d’une part, sur l’objectif du législateur et rappelle que cette condition a pour objet principalement de s’assurer que l’entreprise ne résulte pas de la filialisation d’activité d’un groupe dans la mesure où le dispositif en faveur des JEI est réservé aux PME.
D’autre part, l’administration relève les similarités entre les fondations reconnues d’utilité publique et les fondations de coopération scientifique. En effet, ces dernières sont soumises aux règles relatives aux fondations reconnues d’utilité publique dans les conditions fixées notamment par la loi 87-571 du 23 juillet 1987 et figurent expressément parmi les fondations reconnues d’utilité publique du secteur de la recherche exonérées d’impôt sur les sociétés en application de l’article 207, 1-11° du CGI.