Le contrôle des comptabilités informatisées peut porter sur l'ensemble des informations, données et traitements qui concourent directement ou indirectement à la formation des résultats comptables ou fiscaux et à l'élaboration des déclarations rendues obligatoires par le CGI, ainsi que sur la documentation informatique (LPF art. L 13). Lorsque la réalisation du contrôle nécessite la mise en œuvre de traitements informatiques, ces traitements sont effectués, au choix du contribuable, soit sur le matériel de l'entreprise, par les agents de l'administration ou par le contribuable lui-même suivant les indications de ceux-ci, soit au moyen de copies fournies par l'entreprise sur support informatique (LPF art. L 47 A , II).
Pour le Conseil d'Etat, il en résulte que le vérificateur qui envisage un traitement informatique sur une comptabilité tenue au moyen de systèmes informatisés doit indiquer au contribuable, au plus tard au moment où il décide de procéder au traitement, par écrit et de manière suffisamment précise, la nature des traitements informatiques qu’il souhaite effectuer, eu égard aux investigations envisagées, afin de permettre au contribuable de choisir en toute connaissance de cause entre les différentes options de traitement qui lui sont offertes.
Le Conseil d'Etat estime que tel n’est pas le cas lorsque le courrier du vérificateur se borne à indiquer que ces traitements visent « au contrôle des recettes et de leur intégration en comptabilité », et que les « données utiles aux traitements » sont les « données de caisses : bandes de contrôle dématérialisées ou fichiers de bases de données correspondants » ainsi que la « comptabilité générale et la gestion commerciale ».
A noter : en l'espèce, l’information donnée par le vérificateur est jugée insuffisante. Elle se bornait à indiquer l’objet général des traitements, en renvoyant à la comptabilité de façon globale. Cette information ne permettait pas au contribuable d’apprécier l’importance et la complexité des traitements qui lui seraient demandés par l’administration s’il choisissait de les réaliser lui-même sur son propre matériel.
Dans une autre espèce, le Conseil d'Etat avait à l'inverse jugé qu'était suffisamment informé le contribuable à qui le vérificateur avait indiqué que les traitements informatiques envisagés visaient "à contrôler la fiabilité des recettes déclarées par l'examen des disquettes de sauvegarde effectuées sur caisse" (CE 22-7-2016 no 388367). Selon le rapporteur public dans cette affaire "ce qui importe c’est moins le détail technique des traitements envisagés que la teneur des vérifications opérées. Pour pouvoir exercer son choix, le contribuable doit uniquement savoir quelles données l’administration veut contrôler et quelles comparaisons elle souhaite opérer."
Pour rappel : il a été jugé que le défaut d’information vicie la procédure de vérification et que ce vice de procédure, comme pour une vérification « papier », contamine la régularité de la vérification informatisée dans son ensemble et les impositions qui en procèdent (CAA Versailles 21-5-2013 no 11VE03307).
