L’authenticité de l'origine, l'intégrité du contenu et la lisibilité de la facture doivent être assurées à compter de son émission et jusqu'à la fin de sa période de conservation (CGI art. 289, V). Pour satisfaire à ces conditions, trois modes d’émission ou de réception de factures sont autorisés (CGI art. 289, VII):
- la mise en place de contrôles documentés et permanents permettant d'établir une piste d'audit fiable ;
- la signature électronique avancée ;
- la transmission d’un message structuré selon une norme type EDI (échange de données informatisées).
Dans le cadre du premier mode d'émission énoncé ci-dessus, les documents constitutifs de la piste d’audit fiable doivent être conservés pendant 6 ans sur support papier ou numérique, quelle que soit leur forme originale (LPF, art. 102 B, I bis). Ce sont les modalités de numérisation et de conservation de ces documents établis ou reçus à l’origine sous format papier qui ont été définies par arrêté (LPF art. A. 102 B-1 nouveau). Ainsi, depuis le 1er février 2016, le transfert de ces documents vers un support informatique doit-il être réalisé dans des conditions garantissant leur reproduction à l’identique. Le résultat de cette numérisation doit être la copie conforme à l’original en image et en contenu. Les couleurs doivent être reproduites à l’identique, notamment en cas de mise en place d’un code couleur. Le document numérisé doit être conservé sous format PDF assorti d’une signature électronique conforme, au moins, au référentiel général de sécurité (RGS) de niveau 1 étoile.
Le document numérisé n’est retenu comme pièce constitutive des contrôles permettant d’établir une piste d’audit fiable entre la facture et l’opération qui en est le fondement que s’il fait apparaître tout ajout, remarque ou information qui aurait été annoté sur le document papier. En cas de modification ou de correction des données portées sur un document numérisé, seul le document corrigé et numérisé à nouveau est retenu comme pièce constitutive des contrôles précités.
Enfin, ces dispositions s’appliquent également à la documentation qui décrit les modalités de réalisation des contrôles permettant d’établir la piste d’audit fiable.