L’article L 47 A du LPF ouvre au contribuable le choix entre trois modalités distinctes de contrôle des comptabilités informatisées : soit il laisse le vérificateur se servir du matériel qu’il utilise, soit il demande à effectuer lui-même, sur ce matériel, les traitements informatiques demandés par le vérificateur, soit, enfin, il met à la disposition du vérificateur une copie des données, traitements et documents utilisés au sein de l’entreprise.
Lorsqu’une société vérifiée choisit de mettre à la disposition de l’administration les copies des documents, données et traitements soumis à contrôle, le Conseil d'Etat juge que l’administration est tenue de préciser, dans sa proposition de rectification, les fichiers utilisés, la nature des traitements qu’elle a effectués sur ces fichiers et les modalités de détermination des éléments servant au calcul des rehaussements.
En revanche, l'administration n'est tenue de communiquer ni les algorithmes, logiciels ou matériels qu’elle a utilisés ou envisage de mettre en oeuvre pour effectuer ces traitements, ni les résultats de l’ensemble des traitements qu’elle a réalisés. Elle ne doit préciser que ceux des résultats des traitements qui ont été utilisés pour établir les rehaussements, que ce soit préalablement à la proposition de rectification ou dans le cadre de celle-ci.
Pour en savoir plus sur le contrôle des comptabilités informatisées : voir Mémento Fiscal no 78140.