Le crédit d’impôt recherche (CIR) et le crédit d’impôt innovation (CII) ont été largement modifiés par les lois de finances pour 2020 et 2021 : nouvelles modalités de prise en compte des dépenses de recherche externalisées (notamment dans le cadre d’une sous-traitance en cascade), abaissement du taux forfaitaire de la part des dépenses de fonctionnement calculée en fonction des dépenses de personnel, instauration ou rétablissement d’obligations déclaratives complémentaires, majoration des taux de CII pour les exploitations situées en Corse.
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L'administration commente ces mesures dans une mise à jour de sa base Bofip du 13 juillet 2021, qui lui permet également d'intégrer les notions issues du manuel de Frascati de 2015 et de tirer les conséquences de plusieurs décisions du Conseil d'Etat. Parmi les précisions apportées, on relèvera que :
la définition des activités de recherche et développement éligibles est mise à jour avec les notions du Manuel de Frascati de 2015. Les trois types d’activités de recherche (fondamentale, appliquée et développement expérimental) doivent comporter cumulativement un élément de nouveauté, de créativité, d’incertitude, être systématique ainsi que transférable et/ou reproductible (BOI-BIC-RICI-10-10-10-20 nos 1 s.) ;
la définition des activités de développement expérimental est complétée et la notion d’état des techniques préexistantes est précisée (BOI précité nos 70 s.) ;
l’administration propose une démarche d’identification des activités de recherche et développement (BOI-BIC-RICI-10-10-10-25 nos 60 s.) ;
les dépenses afférentes aux intérimaires peuvent être retenues dans l’assiette du CIR dès lors qu’ils sont des personnels de recherche directement et exclusivement affectés aux opérations de R&D (BOI-BIC-RICI-10-10-20-20 n° 80). Par ailleurs, la liste d’exemples de personnel de soutien à exclure, selon l’administration, des dépenses de personnel éligibles au CIR est complétée (BOI précité n° 140) ;
tirant les conséquences d’une décision du Conseil d’Etat (CE 19-5-2021 n° 432370 : voir La Quotidienne du 23 juin 2021), l’administration supprime de sa liste des cotisations exclues de l’assiette du CIR la contribution exceptionnelle et temporaire versée à l’Agirc (BOI précité n° 310) ;
à compter du 1er janvier 2022, tous les organismes de recherche, qu’ils soient publics, assimilés publics ou privés, devront être titulaires d'un agrément délivré par le ministre chargé de la recherche pour que le donneur d’ordre puisse bénéficier du CIR à raison des dépenses correspondant aux opérations de recherche qu’il leur confie (BOI-BIC-RICI-10-10-20-30 n° 15). Il résulte de cette harmonisation que les dépenses confiées à ces organismes ne seront plus retenues que dans la limite de trois fois le montant total des autres dépenses de recherche ouvrant droit au CIR, alors que ce plafonnement concernait jusqu’alors la seule sous-traitance auprès d’organismes privés (BOI précité n° 215) ;
l’administration distingue désormais deux types de recherche externalisée, celle confiée entièrement à un organisme de recherche et celle menée dans le cadre d’une collaboration, et précise les conditions à respecter pour chacun de ces deux types (BOI précité n° 171) ;
afin de tenir compte d’une décision du Conseil d’Etat (CE 22-7-2020 n° 428127), l’administration précise que les dépenses afférentes aux travaux scientifiques et techniques externalisés qui ne constituent pas en tant que tels des opérations de R&D, mais qui sont indispensables à la réalisation d’une opération de R&D éligible au CIR menée en interne par le donneur d'ordre, peuvent également être prises en compte dans la base de calcul du CIR de ce dernier (BOI précité n° 172) ;
des précisions importantes sont apportées sur la sous-traitance en cascade d’opérations de recherche. En particulier, les opérations confiées à un organisme de recherche public permettent au donneur d’ordre de prendre en compte les dépenses correspondantes pour le double de leur montant, y compris pour la part de ces opérations qui serait sous-traitée par cet organisme à un autre organisme de recherche public (BOI précité n° 175 s.) ;
les prêts à taux zéro innovation (PTZI) distribués par Bpifrance sont pris en compte dans la base de calcul du CIR selon les mêmes modalités que les subventions remboursables, c’est-à-dire déduits de cette base de calcul lorsqu’ils sont reçus et ajoutés lorsqu’ils sont remboursés (BOI-BIC-RICI-10-10-30-20 n° 25) ;
reprenant la solution énoncée par le Conseil d’Etat (CE 9-9-2020 n° 440523), l’administration précise que les organismes qui réalisent des opérations de recherche pour le compte de tiers doivent exclure de la base de calcul de leur propre CIR les dépenses éligibles exposées pour la réalisation de ces opérations et non déduire les sommes reçues du donneur d’ordre (BOI précité n° 37 s.) ;
s’agissant de la qualification de PME au sens du droit de l’Union européenne, ouvrant droit au remboursement immédiat d'une créance de CIR, l’administration avait déjà indiqué qu’une entreprise qui ne respecte plus les seuils d’effectif et financiers exigés ne perd sa qualité de PME que si cet événement se produit au titre de deux exercices consécutifs. De manière symétrique, elle indique désormais que si une entreprise qui n’avait pas jusqu’alors la qualité de PME respecte les critères de seuils, elle n’acquiert la qualité de PME que si le respect de ces seuils se produit au titre de deux exercices consécutifs. Elle précise que cette appréciation des seuils sur une période de deux exercices consécutifs s’applique également dans les cas d’entrée ou de sortie d’un groupe (BOI-BIC-RICI-10-10-50 n° 140) et rapporte en conséquence sa doctrine autorisant les PME à demander le remboursement de leur créance dès le premier exercice suivant sa sortie d'un groupe fiscal (BOI-RES-BIC-000034).
