Les entreprises exonérées d’impôt en vertu de dispositions autres que celles limitativement énumérées par l’article 244 quater B du CGI (entreprises nouvelles, jeunes entreprises innovantes ou entreprises implantées dans certaines zones) ne peuvent bénéficier du crédit d'impôt recherche (CIR) qu'à raison, le cas échéant, des dépenses de recherche se rattachant à leurs activités non exonérées.
Le Conseil d’Etat annule en conséquence l’arrêt de la cour administrative d’appel de Nantes qui avait jugé qu’une union de coopératives agricoles peut bénéficier du CIR pour l'ensemble de ses opérations alors même que celles réalisées avec des sociétaires sont exonérées d'impôt sur les sociétés (CAA Nantes 9-1-2014 n° 12NT02191).